Родился 11.11.1928г. в дер.Маломуйнаково Учалинского р-на, умер 14.10.1995г. в г.Уфе.
В 1944 году поступил на учебу в Башкирское театрально-художественное училище, окончив которое в 1948 году начал работать в Юмагузинском колхозно-совхозном театре в качестве актера.
С 1949 по 1954 годы служил актером в Башкирском государственном академическом театре драмы им.М.Гафури, а в 1954 году поступил на режиссерский факультет ГИТИСа. Его учителями были такие мастера сцены, как Охлопков, Завадский, Гончаров, Карчаков и др. В 1960 году поставил в Академтеатре дипломный спектакль «Седые волосы моей матери» по пьесе А.Мирзагитова. После окончания ГИТИСа вернулся работать в Башкирию. С 1960 по 1963 годы по приглашению Н.Асанбаева служил в Салаватском театре на должности главного режиссера, затем работал в Сибайском башкирском, Туймазинском татарском драматических театрах. Первая постановка, осуществленная в Салаватском театре – драма С.Мифтахова «Зимагоры». Прекрасная режиссерская работа Р.Аюпова привела артистов к успеху в создании типических образов. Каждый последующий его спектакль был удачнее предыдущего. За «Зимагорами» следовали спектакли, поднимающие морально-этические, психологические, духовные проблемы действительности. Среди них – «Раушан» Г.Ахметшина, «Горькие ветра осени» А.Гиляжева, «Райса+Файзи» Н.Асанбаева, «Недопетая песня» М.Карима и многие другие. За весь свой творческий путь Р.Аюпов осуществил более 100 постановок.
Рафаэль Аюпов также снискал уважение и любовь студентов и коллег как вдумчивый, талантливый преподаватель сценического искусства Уфимского училища искусств и института искусств.
Заслуженный деятель искусств БАССР.